Sur le terrain, quand on retourne une pierre plate en forêt humide et qu’on tombe sur un petit cylindre noir de quelques millimètres, on ne pense pas forcément à un outil d’inventaire. Les crottes de salamandre tachetée contiennent pourtant une mine d’informations sur les invertébrés présents dans le milieu, et par extension sur la santé globale de l’écosystème.
Régime alimentaire de la salamandre et lecture des fèces
La salamandre tachetée est un prédateur opportuniste. Elle consomme ce qui se trouve à portée : vers de terre, cloportes, petits coléoptères, limaces, araignées, collemboles. Cette absence de spécialisation en fait un échantillonneur naturel de la faune du sol.
Quand on collecte ses fèces, on récupère des fragments non digérés (élytres, mandibules, soies de vers) et, surtout, de l’ADN résiduel des proies ingérées. En consultant des photos de crottes de salamandre, on apprend à distinguer ces déjections d’autres fèces d’amphibiens ou de micromammifères, ce qui est la première étape avant toute collecte sérieuse.
Chaque crotte reflète les interactions trophiques réelles du micro-habitat. Un site forestier où les fèces contiennent une dizaine de taxons d’invertébrés différents ne raconte pas la même histoire qu’un site où l’on ne retrouve que des fragments de limaces. La diversité des restes de proies fonctionne comme un proxy de la richesse en invertébrés du sol.
Metabarcoding des fèces : protocole terrain et limites
L’analyse la plus fine repose sur le metabarcoding, une technique d’identification génétique des proies à partir de l’ADN extrait des fèces. Des travaux menés notamment au Senckenberg Naturmuseum de Dresde sur d’autres vertébrés (tortues réintroduites dans les zones humides du Rhin supérieur) ont montré la pertinence de cette approche : on prélève les fèces, on en extrait l’ADN, puis on compare la diversité des proies détectées avec la biodiversité globale du milieu mesurée par ADN environnemental.
Transposé aux salamandres, ce cadre méthodologique est directement applicable. La salamandre, active la nuit et cantonnée à un périmètre restreint, donne un aperçu très localisé de la faune invertébrée. On obtient ainsi une « photographie trophique » du site, complémentaire des relevés classiques (pièges à fosse, tamisage de litière).
Étapes concrètes de collecte
- Repérer les micro-habitats favorables : pierres plates, souches en décomposition, murets de pierre sèche en lisière de forêt. Les crottes se trouvent souvent à proximité immédiate des abris diurnes.
- Collecter avec des gants nitrile et un écouvillon stérile dans un tube sec. Éviter tout contact avec le sol nu pour ne pas contaminer l’échantillon avec de l’ADN extérieur.
- Étiqueter chaque tube avec les coordonnées GPS, la date et le type de micro-habitat. Conserver au froid (glacière de terrain) et transférer au congélateur dans les heures qui suivent.
- Pour une analyse morphologique simple (sans labo), examiner les fragments à la loupe binoculaire et tenter d’identifier les grandes catégories de proies : coléoptères, isopodes, oligochètes, gastéropodes.
Les retours varient sur la qualité des résultats en analyse morphologique seule : certains fragments sont très dégradés et difficiles à attribuer. Le metabarcoding reste nettement plus fiable pour dresser un inventaire complet des proies.
Croiser les données fécales avec l’ADN environnemental du sol
L’intérêt majeur de cette méthode apparaît quand on croise deux jeux de données. D’un côté, les fèces renseignent sur ce que la salamandre mange effectivement. De l’autre, un prélèvement d’ADN environnemental (eDNA) dans le sol ou l’eau du même site donne un inventaire plus large de la biodiversité présente, y compris les organismes que la salamandre ne consomme pas.
La comparaison entre proies consommées et biodiversité disponible révèle le degré de spécialisation ou d’opportunisme de la salamandre sur un site donné. Un décalage marqué peut signaler un appauvrissement récent du milieu : la salamandre se rabat sur un nombre réduit de proies parce que les autres ont disparu.
Ce couplage fèces/eDNA a été validé dans le cadre du projet du Senckenberg sur les tortues du Rhin supérieur. Les chercheurs y mesurent l’impact trophique de l’espèce réintroduite sur la biodiversité locale. Rien n’empêche techniquement de répliquer cette approche sur des populations de salamandres en forêt tempérée.
Ce que cette méthode détecte mieux que les inventaires classiques
Les pièges à fosse ou le tamisage de litière capturent bien les invertébrés mobiles en surface. Mais ils sous-estiment les espèces fouisseuses ou celles actives uniquement la nuit, précisément les proies favorites de la salamandre. Les fèces complètent les inventaires classiques en capturant la fraction nocturne et souterraine de la faune du sol.
Salamandre comme bio-indicateur local : interpréter les résultats
Sur le terrain, on cherche rarement un résultat absolu. On compare des sites entre eux ou un même site à deux périodes différentes. Une parcelle forestière où les fèces de salamandre révèlent régulièrement plus d’une dizaine de taxons de proies distincts présente vraisemblablement un sol en meilleure santé qu’une parcelle voisine où l’on n’en détecte que trois ou quatre.
La salamandre tachetée ne se déplace que sur quelques dizaines de mètres autour de son abri. Cette sédentarité est un atout : elle donne une lecture hyper-locale, à l’échelle d’une parcelle ou d’un talus. Là où un inventaire eDNA de cours d’eau capte des signaux dilués sur des centaines de mètres, la crotte de salamandre ancre l’information à un point précis.
- Un site riche en proies variées (coléoptères, arachnides, isopodes, gastéropodes, oligochètes) suggère un sol forestier peu perturbé, avec une litière épaisse et une humidité stable.
- Une dominance écrasante d’un seul taxon (limaces, par exemple) peut indiquer un déséquilibre, souvent lié à l’usage de pesticides en lisière agricole ou à un assèchement progressif.
- L’absence totale de salamandres sur un site autrefois occupé constitue en soi un signal d’alerte fort sur la dégradation du milieu.
La présence de la salamandre et la diversité de son régime alimentaire fonctionnent comme un double indicateur : l’animal signale que le milieu reste habitable pour les amphibiens, et ses fèces détaillent l’état de la chaîne trophique souterraine. Pour les naturalistes ou les gestionnaires d’espaces naturels qui cherchent un outil complémentaire aux protocoles standardisés, c’est une piste concrète, peu coûteuse en matériel, et applicable dès la prochaine sortie nocturne en forêt humide.